Lago San Pedro está dentro de significativas fuentes hídricas, distribuidas de la siguiente manera:

• Rio Napo. - Es una cuenca de gran capacidad hidrológica la cual en su trayecto se encuentra muy habitada, en el lugar recurre un sistema estacional característico el cual en temporada seca mantiene un caudal mínimo de 200 m/s, mientras que en temporada lluviosa es de aproximadamente 1600 m³/s, además el rio es alimentado principalmente de las precipitaciones formadas en las partes altas de la Cordillera Oriental de los Andes, lo cual genera subcuencas, microcuencas y drenajes menores en su recorrido (SENAGUA, 2018).
• Rio Jivino.- Es una subcuenca alimentada por microcuencas como el rio Salvador, rio Quimbilla, rio Palanta, rio Jivino Verde, Negro y estero las Cochas que van desde el territorio de las parroquias Lago San pedro, Rumipamba, Enokanqui, Tres de Noviembre y Unión Milagreña por lo que realiza su recorrido con dirección sur – este, además esta subcuenca estaría presente aproximadamente en 26,5% del territorio de Lago San Pedro, siendo el restante 73,5% del territorio alimentado por las microcuencas y drenajes menores (SENAGUA, 2018).

Mapa 8 subcuencas en la parroquia Lago San Pedro

La parroquia cuenta con microcuencas que alimentan a los cuerpos hídricos de mayor tamaño, entre estas se encuentran las siguientes:

Rio Blanco. - Sistema acuático que ocupa aproximadamente 18 ha de extensión en el territorio de la parroquia Lago San Pedro, además realiza el recorrido de sus aguas también por las parroquias aledañas Joya de los Sachas, San Carlos, San Sebastián del Coca (Cañón de los Monos). 

Rio Yanayacu. - Microcuenca que ocupa aproximadamente 19 ha de extensión en el territorio parroquial y también mantiene un recorrido por las parroquias Joya de los Sachas, San Carlos, San Sebastián del Coca.

Rio Sacha. - Ocupa alrededor de 20 ha del territorio de Lago San Pedro y realiza su recorrido por La Joya de los Sachas y Unión Milagreña.

Mapa 9 microcuencas en la parroquia Lago San Pedro