En la parroquia Lago San Pedro la infraestructura de Salud se enfoca en un Sub centro pequeño que opera en el edificio del Gobierno Parroquial, este no cumple con las exigencias de demanda de atención médica primaria, con deficiente cantidad de médicos permanentes que enfrenten las emergencias al momento de presentarse, al igual que el caso de los equipos y medicina, brindando atención solamente de lunes a viernes. En casos de emergencias los fines de semana deben trasladarse hasta la ciudad de Joya de los Sachas.

Entre las principales enfermedades más comunes debido al clima tenemos las siguientes: paludismo, gastroenteritis, parasitosis, desnutrición, anemia, tos, gripe, neumonías, faringitis, estas últimas  generadas por altas precipitaciones y humedad relativa,  al mismo tiempo se pueden identificar enfermedades epidérmicas como granos, alergias entre otras generadas por las picaduras de insectos no tratadas o utilización de agua contaminada; Igualmente se han identificado casos de dolores estomacales y de cabeza, pues éstos se presume son resultado del consumo de alimentos no bien tratados  y poco nutritivos.

La falta de especialistas en el sub centro de salud parroquial, del Cantón y la provincia, provocan que los casos de enfermedades se agudicen en los moradores de las comunidades y el restarles importancia ocasiona que se agraven, incrementando sus costos de tratamiento.

De la información primaria levantada se pudo conocer la presencia de cáncer al estómago y dolor de cabeza, igualmente los procesos masivos de atención médica a través de campañas de salud no se han realizado desde hace dos años atrás. En la atención de partos, se cuenta en la localidad con parteras quienes apoyan el proceso de alumbramiento, puesto que no se cuenta las veinticuatro horas con asistencia médica.

Tabla 43 Tasa de mortalidad y desnutrición